Des chercheurs du Centre allemand de recherche sur le cancer (DKFZ) et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL), en collaboration avec des partenaires internationaux, ont étudié les relations génotype-phénotype dans des cellules souches pluripotentes induites (iPS), en utilisant les données d’environ 1 000 donneurs. Cette recherche publiée dans la revue Nature Genetics[1] vise à identifier les gènes à l’origine de « maladies génétiques rares et complexes ».
« Des dizaines de milliers de minuscules variations génétiques (SNP[2]) identifiées dans le génome humain, sont associées à des maladies spécifiques ». Mais ces variations ne sont pas toujours situées dans les régions des gènes qui codent les protéines. Ainsi, les chercheurs « tentent de savoir si et dans quels tissus ces variantes sont liées à des changements de l’activité de gènes spécifiques ». Ces analyses sont généralement effectuées dans des cellules sanguines ou des biopsies de tissus, selon le type de maladie. Mais les cellules souches pluripotentes induites, indifférenciées, « pourraient être particulièrement utiles dans la recherche de la cause de maladies qui surviennent à un stade précoce du développement », indique Oliver Stegle, chef de division au Centre allemand de recherche sur le cancer et chef de groupe à l’EMBL.
En analysant les données de séquence et de transcriptome[3] des iPS issues d’un millier de donneurs, les chercheurs ont identifié de nouvelles associations qui n’avaient « jamais été décrites auparavant avec des cellules somatiques ». 4000 de ces associations pourraient être liées à des maladies spécifiques selon les chercheurs, comme des maladies coronariennes ou des cancers héréditaires.
Les scientifiques se sont également penchés sur les maladies génétiques rares. En observant le transcriptome de cellules iPS issues de 65 patients atteints de diverses maladies rares, ils ont constaté des « valeurs aberrantes », permettant de remonter à l’origine génétique de la maladie. « Jusqu’à présent, la pertinence des cellules iPS pour de telles analyses biomédicales a été largement sous-estimée » estiment les chercheurs.
Source : Medical Xpress, German Cancer Research C
[1] Identification of rare and common disease variants using population-scale transcriptomics of pluripotent cells. Nature Genetics 2021, DOI: dx.doi.org/10.1038/s41588-021-00800-7
[2] Single nucleotide polymorphism
[3] Le transcriptome représente l’ensemble des ARN présents dans une cellule à un instant donné. C’est une image de l’état fonctionnel du génome (Sources : France génomique, CNRS)
